中心项目四处承担环境保护部交办的《生物多样性公约》、《卡塔赫纳生物安全议定书》、《生物多样性公约关于获取遗传资源以及公正和公平地分享其利用所产生惠益的名古屋议定书》及《卡塔赫纳生物安全议定书关于赔偿责任和补救的名古屋-吉隆坡补充议定书》的履约日常事务性工作。2011年2月,生态司发函进一步明确了对外合作中心在《生物多样性公约》履约工作中的定位。按生态司要求,将承担履行《生物多样性公约》日常事务性工作,包括:编辑和印发《生物多样性保护及中国履行<生物多样性公约>简报》;受生态司委托准备履约谈判对案初稿;生物多样性和生物安全2个信息交换所网站的日常维护;生物多样性保护宣传,重点是每年5.22国际生物多样性日宣传;国际履约前言信息跟踪,重点关注公约秘书处的最新动态;《生物多样性公约》缔约方大会决议研究及任务分解建议及生态司委托的其他相关事项。
负责组织实施生物多样性保护、生物多样性可持续利用、生物遗传资源获取和惠益分享、生物安全管理、生物多样性与气候变化、农村环境保护等领域的全球环境基金(GEF)及有关双边、多边、履约和国际合作项目的开发、实施、管理;为环境保护部生态保护和生物多样性管理提供有关政策、技术及项目支持。