中心自2019年以来，获国家科技进步奖、部级环境保护科技奖励共十九项，其中，获国家科技进步奖二等奖1项，环境保护科学技术奖二等奖11项、三等奖6项、科普类奖1项。中心始终将服务生态环保中心工作作为重要任务，多次被评为生态环境部先进集体。在国际上也有杰出贡献，多次获联合国环境署等机构颁发奖项。

　　1、国家科学技术进步奖

　　2019年，“废弃物焚烧和钢铁冶炼二噁英污染控制技术与对策”获得国家科学技术进步奖二等奖。

　　2、环境保护科学技术奖

　　2023年，“中俄跨境地区水环境风险监控预警技术与应用”获得环境保护科学技术奖二等奖。

　　2022年，“聚氯乙烯行业汞减排及含汞废物高效回收关键技术研究及应用”获得环境保护科学技术奖二等奖。

　　2021年，“垃圾焚烧与金属冶炼全过程二噁英精准防控技术与环境监管应用”获得环境保护科学技术奖二等奖。

　　2021年，“废弃电器电子产品生命周期内新污染物识别、减控关键技术与应用示范” 获得环境保护科学技术奖二等奖。

　　2021年，“超高灵敏二噁英细胞检测技术的开发及其在造纸废水检测中的应用” 获得环境保护科学技术奖二等奖。

　　2020年，《持久性有机污染物履约百科》获得环境保护科学技术奖科普奖。

　　2019年，“气候变化谈判资金议题的支撑技术研究” 获得环境保护科学技术奖二等奖。

　　2018年，“中国含DDT防污漆替代与环境无害化管理技术体系的构建与应用” 获得环境保护科学技术奖二等奖。

　　2017年，“绿色供应链管理制度研究与实践创新” 获得环境保护科学技术奖二等奖。

　　2017年，“医疗废物处理处置BAT/RFP技术研究与应用” 获得环境保护科学技术奖二等奖。

　　2015年，“水泥窑协同处置POPs杀虫剂废物技术研究与应用” 获得环境保护科学技术奖二等奖。

　　2012年，“持久性有机污染物场地基础术语规范、风险控制研究与履约技术支持” 获得环境保护科学技术奖二等奖。

　　3、国际奖项

　　2023年，获得联合国环境署（UNEP）等机构颁发的第五届欧洲和中亚地区网络海关与执法官员保护臭氧层奖。

　　2022年，获得联合国环境署（UNEP）等机构颁发的2022年亚洲环境执法奖。

　　2019年，获得联合国环境署（UNEP）等机构颁发的全球海关及执法官员《蒙特利尔议定书》实施奖。

　　4、其他奖项

　　2023年，“工业热过程二噁英全过程污染控制技术与应用”获得中国产学研合作创新与促进奖——产学研合作创新成果一等奖。

　　2022年，《新冠肺炎疫情期间中国医疗废物管理培训指南》（中英文合订本）获得上海市第十六届“银鸽奖”优胜奖。

　　2022年，“中国生活垃圾焚烧与二噁英减排技术与综合环境管理研究及示范”获得中国城市环境卫生协会科技进步二等奖。

　　2022年，《医疗废物处置污染控制及工程技术标准体系》获得中国科技产业化促进会第三节科学技术奖——标准创新奖（一等奖）。

　　2022年，“再生铅行业污染及风险控制关键技术研究及应用”获得中华环保联合会科技进步奖一等奖。