中心自2019年以来，获国家科技进步奖、部级环境保护科技奖励共十八项，其中，获国家科技进步奖二等奖1项，环境保护科学技术奖二等奖10项、三等奖6项、科普类奖1项。中心始终将服务生态环保中心工作作为重要任务，多次被评为生态环境部先进集体。在国际上也有杰出贡献，多次获联合国环境署等机构颁发奖项。

1、国家科学技术进步奖

2019年，“废弃物焚烧和钢铁冶炼二噁英污染控制技术与对策”获得国家科学技术进步奖二等奖。

2、环境保护科学技术奖

2022年，“聚氯乙烯行业汞减排及含汞废物高效回收关键技术研究及应用”获得环境保护科学技术奖二等奖。

2021年，“垃圾焚烧与金属冶炼全过程二噁英精准防控技术与环境监管应用”获得环境保护科学技术奖二等奖。

2021年，“废弃电器电子产品生命周期内新污染物识别、减控关键技术与应用示范” 获得环境保护科学技术奖二等奖。

2021年，“超高灵敏二噁英细胞检测技术的开发及其在造纸废水检测中的应用” 获得环境保护科学技术奖二等奖。

2020年，《持久性有机污染物履约百科》获得环境保护科学技术奖科普奖。

2019年，“气候变化谈判资金议题的支撑技术研究” 获得环境保护科学技术奖二等奖。

3、国际奖项

2022年，获得联合国环境署（UNEP）等机构颁发的2022年亚洲环境执法奖。

2019年，获得联合国环境署（UNEP）等机构颁发的全球海关及执法官员《蒙特利尔议定书》实施奖。

4、其他奖项

2022年，《新冠肺炎疫情期间中国医疗废物管理培训指南》（中英文合订本）获得上海市第十六届“银鸽奖”优胜奖。