淮河源位于北暖温带向亚热带的过渡地区，典型的过渡区域气候，使南北物种都能在此生存繁衍，是中国南北过渡地带生物多样性最丰富的地区之一。由于其特殊的地理位置，又是众多候鸟春冬迁徙中转站。因此被誉为天然的物种“基因库”。

　　
　　据初步调查境内共有种子植物5660余种，昆虫5600种，鸟类396种，占中国百分比分别为13.2﹪，14﹪和29.8﹪。具有重要科研和经济价值的动、植物有1000多种，其中有35种是区域特有种，例如：商城肥鲵、拉步甲以及鸡公山山梅花，鸡公山茶杆竹、信阳毛尖茶等。

　　
　　有珍稀濒危动物如朱鹮、金钱豹、大鲵、白冠长尾雉、仙八色鸫、赤腹鹰、金雕、黑鹳、大鸨、白鹳、大天鹅、大灵猫等59种。

　　
　　有珍稀濒危植物如秃杉、珙桐、野大豆、香果树、春兰、独花兰、银杏、红豆杉、水杉鹅掌楸、连香树、杜仲、水松等65种。

　　
　　尽管淮河源面积不大，却有124种珍稀濒危动、植物被列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》名录，例如：朱鹮、白鹳、黑鹳、大鲵、虎纹蛙以及天麻、黑节草、春兰、独花兰等。

　　
　　淮河源特殊的地理位置和气候特点，被国家林业局和有关国际组织确定为朱鹮野外放归的第一个试验区。特殊的地理位置、富有特色的生物区系以及复杂的演化历史造就了本地十分丰富的生物多样性。淮河源的生物多样性在中国具有无可替代的重要地位。

　　
　　该区域广泛分布着丰富的粮食作物野生近缘品种，特别是许多谷物类的野生稻、野生小麦、金荞麦(Fagopyrum Cymosum(Trev.) Meissn. （英）Wild Buckwheat Rhizome)和食物类的野大豆(Glycine soja Sieb. et Zucc)、野生莲(Nelumbo nucifera Gaertn)、野生菱（Trapa incisa Sieb. et Zucc. var. quadricaudata Glück）等分布最广泛，面积最大，类型最多，遗传多样性最丰富的地区之一，被国家农业部、国家林业局分别列入国家重点保护计划。

　　
　　同时，该地区中药资源十分丰富，被国家有关部门确定为我国野生中药材主产区和优质生产基地。因此十分需要保护、管理和可持续利用。

　　
　　正如所预料的，由于物种多样性十分丰富，淮河源的生态系统也十分丰富。在淮河的源头地区，存在四中十分不同的重要生态系统：山地森林生态、河流生态、湿地生态与农田生态系统。

　　
　　保护该地区的生物多样性不仅使得大量南北方丰富的生物多样性得以在同一地区保护，而且使得中国南北过渡地带特有的生物多样性避免灭绝或丧失的威胁，更为重要的是，淮河源生物多样性的保护还为大量候鸟的迁徙提供适应南北气候的栖息地。